学术期刊停刊后，已发表论文的影响主要体现在以下几个方面：

1.论文的可检索性：已发表的论文通常不会被直接撤下。如果期刊因非负面原因停刊，如内部调整或重组，已发表论文在数据库如知网、万方、EI等中的收录状态一般不变，不影响检索和引用。

2.学术评价与职称评定：对于评职或学术评价，关键在于论文是否仍可在线检索。如果停刊后论文在官方数据库中仍可查到，其在职称评定中的有效性通常不受影响。但需及时下载并保存检索页作为证明材料。

3.期刊合并或吸收：有时停刊期刊的论文可能会被其他期刊接收，保持其学术价值。这种情况下，论文可能会被转移到新的出版物中，继续被学术界认可。

4.潜在的负面影响：如果期刊因质量问题或学术不端停刊，这可能会影响作者的学术声誉。尽管论文本身不会被删除，但与停刊期刊的关联可能降低论文的引用率和学术影响力。

5.新期刊的选择：对于未来发表，作者需要避免选择已停刊的期刊，确保新论文发表在稳定且有良好声誉的平台上。

6.应对策略：如果期刊停刊导致论文收录受影响，作者应考虑重新发表，尤其是在需要论文为晋升或评价加分的情况下。但需注意，重复发表是不被允许的，除非原期刊明确撤稿。

7.关注官方信息：重要的是关注新闻出版总署和相关数据库的官方信息，以确认期刊状态和论文收录情况，确保论文的有效性和可追溯性。

综上所述，期刊停刊对已发表论文的影响因具体情况而异，但通过及时采取措施，如保存证明材料和必要时寻找替代发表途径，可以最大限度地减少负面影响。