遇到EI期刊停刊的情况，可以按照以下步骤处理：

1.确认期刊状态：首先，需要确认期刊停刊的原因和性质。如果期刊是因为违规而被停刊，这可能会影响已发表论文的信誉。但如果是因为其他非负面原因，如出版方重组，已发表论文的学术有效性通常不受影响。

2.检索证明：对于已经发表的论文，重要的是确保它在数据库中被正确收录。EI（工程索引）通常会更新其收录的期刊列表。如果您的论文在停刊前已被EI收录，那么它应该仍然可被检索。获取并保存论文的在线检索页面或索引记录作为证明。

3.咨询主办方或EI官方：直接联系期刊的主办方或EI官方，询问停刊对已发表论文的影响。了解EI是否会继续索引已停刊期刊的内容，以及这是否会影响您的论文被认可。

4.单位或机构要求：如果论文用于学术评价，如职称评定，应咨询所在单位或相关学术机构的具体要求。有些机构可能需要论文在活跃的、被广泛认可的数据库中可查。

5.备份和替代：保留所有与论文发表相关的证明材料，包括录用通知、出版证明等。同时，考虑未来发表时选择稳定性更高的期刊，避免类似情况再次发生。

6.重新发表：如果停刊导致论文的学术价值受到质疑，或者单位不认可，可能需要考虑将论文修改后投向其他EI收录的期刊。但需注意，这通常不适用于已公开发表的内容，除非原期刊明确撤稿或有特殊理由。

7.关注行业动态：有些期刊可能会恢复出版，或者其内容被合并到其他期刊中，保持关注以便及时调整策略。

总之，虽然期刊停刊是一个挑战，但已发表的论文通常不会直接被“下架”。关键在于确保论文的可检索性和遵循所在领域的具体规定。